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De la sélection classique à la sélection génomique

Les méthodes complémentaires

L'utilisation complémentaire des méthodes classiques de sélection et d'expérimentation au champ et des dernières innovations développées par le laboratoire de marquage bio-moléculaire permet d'améliorer en permanence la réactivité et les performances des hybrides. Le travail de sélection est mieux orienté, mieux ciblé, et plus rapide aussi.

Les outils pour accélérer la sélection des lignées

  • Culture in vitro de l’embryon : la germination des graines est possible 11 jours après le croisement (au lieu de 5 semaines dans les conditions normales)
  • Germination en chambres de culture
  • Serres
    • 3 générations/an pour le maïs
    • 4 à 5 générations/an pour le tournesol

Les outils pour trier le matériel génétique

  • Tests herbicides, in vitro ou in vivo
  • Analyses mycologiques et dosages des mycotoxines
  • Spectroscopie infrarouge (NIRS)

Les bénéfices des nouvelles technologies de sélection

L'expérimentation au champ est indispensable au processus de sélection. Il permet de confronter les nouveaux hybrides à des conditions réelles de culture afin d'estimer leur valeur.
Réseau Référence

Ses outils servent à :

  • Exploiter la diversité : l’objectif des sélectionneurs est de créer les variétés adaptées aux besoins des agriculteurs. Leur travail de sélection se fait par la sélection phénotypique, agronomique, c’est-à-dire ils notent les caractères présents dans les lignées tels que résistance à certaines maladies, le potentiel du rendement et autres, et la recherche complète par les marqueurs. Cette analyse phénotypique n’exclut pas le travail du sélectionneur au champ, mais elle lui permet d’avoir une description génétique, une empreinte génétique de la lignée: on identifie les distances génétiques du matériel, on sait les placer au bon endroit, les structurer. Cela permet de savoir si le nouveau matériel est original par rapport à ce qui existe dans cette famille phénotypique. Cette information apporte un savoir complémentaire aux sélectionneurs, cela aide dans les choix de ses départs, tout au long du processus du choix variétal.
Exploier la diversité

  • Connaître le génome : On utilise le programme SAM (la sélection assistée par marqueurs) afin de retrouver directement les caractères agronomiques recherchés (tolérance a une maladie, waxy, caractères récessifs). Ses marqueurs moléculaires sont liées aux caractères agronomiques, mais pas forcément. Il peut y avoir d’autres gènes d’intérêt afin de les intégrer dans une ligné élite, par exemple la conversion waxy. En faisant le "back cross", on peut rechercher les plantes qui seraient proches aux parents à chaque génération, dans ce cas on utilise les marqueurs neutres qui ne sont pas liées aux caractères quiconque.

Connaître le génome

  • Diminuer la durée de la création : Aujourd’hui, l’enjeu de la recherche est de raccourcir la période de sélection proprement dit, tout en sachant qu’après avoir obtenu un hybride potentiellement intéressant du point de vue agronomique, le temps pour le tester dans le réseau d’essais, de l’inscrire est incompressible, c’est-à-dire environ 5 ans avant la mise en marché d’un hybride commercial. Notamment, les tests biotechnologiques par des marqueurs neutres, la production des générations des plantes dans les serres, la culture in vitro, les productions contre saison, tous ces moyens nous permettent de gagner du temps. Au lieu de prendre les plantes au hasard comme pourrait le faire un sélectionneur dans son champ, on utilise les plantes qui sont déjà proches des caractères recherchés.

Diminuer la durée de la création

  • Controle qualité : il existe plusieurs types de tests de la qualité de nos lignées :
    • non OGM grâce aux marqueurs spécifiques de transgène,
    • la pureté variétale,
    • le contrôle de conformité (vérifier que la lignée X est bien conforme à la lignée X).

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